Em Conselho Técnico realizado na tarde desta segunda-feira (9) entre os clubes e a Federação Paulista de Futebol, a fórmula de disputa do torneio foi alterada. As agremiações votaram por unânimidade e em 2016, além do turno único na fase inicial, serão realizados eliminatórias para decidir os acessos e o título.
Na primeira fase, os clubes jogarão em turno único, classificando os oito melhores e rebaixando seis equipes para a Série A3 de 2017. Os oito classificados jogarão as quartas de final em jogos de ida e volta. Os classificados disputarão o acesso também em dois jogos. A final será disputada em jogo único.
Outra mudança votada foi a mudança do número de reservas. Os clubes optaram por manter sete atletas reservas.
O número de 28 atletas inscritos por equipe foi mantido, sem direito a quatro trocas na mudança de fase, a não ser em caso de lesão. Os clubes terão até o dia 28 de janeiro para inscrever para a primeira rodada. O prazo final para a inscrição de jogadores é 4 de março, antes da 10a rodada.
Também ficou estabelecido que os técnicos só poderão trabalhar em um clube da divisão.
O torneio tem previsão de início em 31 de janeiro e término em 8 de maio.